Нотариусы ничего не сдают в органы юстиции, и было бы вообще странно такую картину наблюдать. Нотариально удостоверенный договор, для регистрации которого не тербуется представители от обеих сторон, только ипотечный. Также не требует присутствия второй стороны регистрация договора аренды, собственно, там и нотариус не нужен.
В твоем же случае требуется присутствия обеих сторон договора: продовца и покупателя. За регистрацию договора купли-продажи жилого объекта (если не долевое) возьмут госпошлину 250 рублей и с продавца и с покупателя (если оба физлица), за регистрацию права собственности за каждый объект (земля и дом) еще по 500. Итого 1250 с покупателя и 250 с продавца.
Если не хочешь сам запариваться, выпиши нотариальную доверенность на кого-нибудь, кому доверяешь или на представителя агентства недвижимости. Но будь осторожен. Не давай доверенность на длительный срок и максимальной конкретизируй, какие именно права предоставляешь доверенному лицу. Оставь только самые необходимые: предоставлять дополнительные документы, произвести переход права собственности, и так далее по мере необходимости.
Если у тебя сделка с юрлицом, топаешь на Стратилатовскую 19, а если с физом - на Стратилатовскую 15.
Очередь рекомендую с ночи занимать.