Смотря какой программой под виндовсом править будешь. Тот же редактор ФАР-менеджера по-моему если догадывается, что файл с юниксовыми признаками, то продолжает обозначать конец строки кодом "0a". Иначе он вставляет обычную досовскую концовку "0d 0a".
Но даже если в юниксовый файл попали досовые признаки конца строки, это не суть смертельно. Символ "0d" многими программами воспринимается как пустой текстовый символ. Хотя проблемы могут возникнуть с интерпретаторами perl или же в случае редактирования бинарного файла, но это вообще отдельная песня.
В любом случае, если хочется привести файл к юниксовому виду, можно воспользоваться утилитой dos2unix. А ее антипод unix2dos выполняет противоположную функцию.