Как раз-таки трафик через WhatsApp довольно неплохо защищен, поскольку используется end-to-end encryption. Т.е. данные (голос, видео, чат, ...) шифруются непосредственно на устройстве отправителя и расшифровываются на устройстве получателя. Интернет провайдеры и присосавшиеся к их каналам гэбисты идут лесом - они видят только зашифрованный и аутентифицированный трафик. От этого-то их и крючит, но отключить WA совсем пока руки не доходят.
Это не значит, что WhatsApp обеспечивает абсолютную защиту - если гэбня получит удаленный или физический доступ к устройству пользователя, шифрование между устройствами не поможет. Но, по крайней мере, классический evesdropping при обмене информацией через WhatsApp невозможен.

Disclaimer: Любителям скреп просьба сей богомерзкий пост не читать - много иностранных слов :)