Вопросы не к кораблю, а к новому собственнику. ООО "Князь Рюрик" зарегистрировано 15.04.2014 года
У предыдущего собственника право пользования водным объектом было.
Так что прокуратура просто делает свою работу.

Оптимальнейший вариант... Пусть люди работают после оформления всех официальных процедур.

Транспортной прокуратуре уже лет 8.
Это не вид работы, а просто работа. У корабля сменился собственник, у нового собственника нет документов, на основании которых возникает право пользования водным объектом. Это нарушение. Прокуратура внесла представление об устранении этого нарушения. Что тут такого?

Скорее всего новый собственник сам уклоняется от заключения договора, т.к. сумма там не хилая.

оно не тонет)

Потому что несамоходное стоечное судно - транспорт.

Сначала переименовать в "Варяг".
И с песней открыть кингстоны.

"Мы пред врагом не спустили
Славный андреевский флаг,
Сами взорвали "Корейца",
Нами потоплен "Варяг"!